Ärzte können neben ihren Einzelpraxen oder Beteiligungen an Gemeinschaftspraxen an interdisziplinären, standortübergreifenden Teilgemeinschaftspraxen beteiligt sein. Zu zahlreichen ertrag- und umsatzsteuerlichen Fragen, die sich in diesem Zusammenhang stellen, hat die Oberfinanzdirektion Koblenz am 13.12.2006 eine Kurzinformation veröffentlicht.
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Generell gelten für Teilgemeinschaften die Grundsätze für Mitunternehmerschaften. Sind nur zugelassene Ärzte beteiligt und übt die Mitunternehmerschaft neben der freiberuflichen Tätigkeit keine gewerbliche Tätigkeit aus, erzielen die beteiligten Ärzte Einkünfte aus freiberuflicher Tätigkeit, die auch gewerbesteuerfrei bleiben. Etwas anderes gilt, sofern die Mitunternehmerschaft neben der freiberuflichen Tätigkeit auch eine schädliche gewerbliche Tätigkeit ausübt oder nicht zugelassene Ärzte als Partner beteiligt sind.
Werden Personal oder Sachmittel der jeweiligen Einzelpraxis für Zwecke der Teilgemeinschaftspraxis eingesetzt, können die dem Nutzungsumfang entsprechenden Ausgaben als Sonderbetriebsausgaben geltend gemacht werden. Die genutzten Wirtschaftsgüter sind entweder insgesamt der Teilgemeinschaftspraxis (bei Nutzung von mehr als 50% von der Teilgemeinschaft) oder der Einzelpraxis zuzuordnen. Die Beteiligung an der Teilgemeinschaft gehört wegen der starken Verknüpfung mit der Einzelpraxis im Regelfall zum notwendigen Betriebsvermögen der Einzelpraxis. Teilgemeinschaftspraxen werden umsatzsteuerlich als Unternehmen anerkannt. Die Leistungen der einzelnen Ärzte stellen umsatzsteuerlich nicht steuerbare Gesellschafterbeiträge an die freiberufliche Mitunternehmerschaft dar. Sie werden mit der Beteiligung am Gewinn und Verlust abgegolten.