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Nach § 6b EStG können Bilanzierende bei der Veräußerung von Grundbesitz eine den Steuergewinn mindernde Rücklage (sogenannte § 6b-Rücklage) bilden und diese von den Kosten der in den folgenden vier Jahren angeschafften oder hergestellten Wirtschaftsgüter abziehen.
Der Übertrag kann auch anteilig auf Wirtschaftsgüter erfolgen, die zum Gesamthandsvermögen einer anderen Personengesellschaft gehören, an der der Veräußerer als Mitunternehmer beteiligt ist.
Vor diesem Hintergrund stellt der BFH klar, dass das Wahlrecht für die Bildung und Auflösung einer § 6b-Rücklage immer durch den Bilanzansatz im veräußernden Betrieb auszuüben ist, auch wenn die Rücklage auf Gegenstände eines anderen Betriebs des Steuerpflichtigen übertragen werden soll.
BFH 19.12.12, IV R 41/09

Das Bilanzierungswahlrecht wird durch entsprechenden Ansatz in der Steuerbilanz sowie bei Veräußerung von Sonderbetriebsvermögen in der jeweiligen Sonderbilanz ausgeübt, wobei für Bildung und Auflösung die Bilanz des veräußerten Betriebs selbst dann maßgeblich ist, wenn die Rücklage auf Wirtschaftsgüter im Betriebsvermögen der anderen Firma übertragen werden soll.
Nach R 6b. 2 Abs. 8 Satz 3 EStR setzt der Übertrag der Rücklage voraus, dass ein Abzug von den Aufwendungen des Reinvestitionsguts vorgenommen wird.
Daraus folgt aber nicht, dass ein Wahlrecht erst in der Bilanz des Betriebs auszuüben ist, auf dessen Reinvestitionsgut die Rücklage übertragen werden soll. Die 6b-Rücklage wird in dem Betrieb gebildet, in dem der Veräußerungsgewinn anfällt. Insoweit wird die Tarifbegünstigung egalisiert.
Folglich wäre es besser, die stillen Reserven rechtzeitig auf den erwerbenden Betrieb zu übertragen. Sofern aber bereits feststeht, dass die Rücklage im veräußernden Betrieb ausgewiesen wird, ist das Wahlrecht ausgeübt und es kommt allenfalls eine Bilanzänderung nach § 4 Abs. 2 EStG in Betracht.